1996- 1997 sezonunda tekrar 3'üncü Lig'e düşen kulüp, 2003- 2004 sezonunda ligi lider bitirerek 7 yıl aradan sonra yeniden 2'nci Lig'e yükselme başarısı gösterdi. 10 yıl bu ligde mücadele eden turuncu yeşilliler 2005- 2006, 2006- 2007 ve 2007- 2008 sezonunda 3 kez art arda play off oynadı fakat o dönemdeki adı 2'nci Lig A Kategorisi olan PTT 1'inci Lig'e yükselme başarısını gösteremedi. Yönetim kurulu değişikliği yaşayan turuncu yeşilliler, maddi ve sportif anlamda sıkıntılı bir sürece girdi.
